在教育實踐活動中，學校各學院和機關部處也分別制定整改方案，各院系整改問題總計404條。已解決的問題209條，正在研究解決的195條。院系整改主要體現在深化院系改革、規范學院管理以及提高服務師生質量三個方面。
在深化改革方面，馬克思主義學院制定《馬克思主義學院五年發展規劃》，同時，深化思想政治理論課建設改革，建立領導班子成員聽課制度，青年教師教學幫扶機制，教學獎勵機制，改革思想政治理論課的考試考核，推進實踐教學的深入開展，切實提高教學實效。化學學院召開加強化學教學研究、提高本科教學質量的教學研討會。漢語文化學院修訂學院的長遠發展規劃，力求既有遠期發展方向，又有近期需要達到的目標，還要有具體措施。制定了教師團隊建設方案，設立院內項目，支持團隊研究。體育運動學院調整學院的“十二五”發展規劃, 完善發展目標、人才隊伍建設、學科建設發展戰略。制定促進師生鍛煉的改革方案，加強學院文化建設，啟動武術、球類、體操等各教研室特色學科團隊文化建設，開展籃球、足球等高水平運動隊logo的設計工作。法學院推動研究生教育改革，明確學術型、專業型研究生的培養目標和培養方案，以就業為導向貫徹到研究生教學管理中。
在加強學院規范管理方面，經濟與資源管理研究院、社會發展與公共政策學院進一步健全考核指標體系，明確教授、副教授、講師的教學科研要求。發表論文、著作、課題經費等指標納入進去來形成一套衡量研究院發展的指標體系。外文學院針對工作計劃的執行和落實不夠充分問題，明確兩個第一責任人抓督促，各位執行人列出工作日程表，隨時核實落實情況。歷史學院調動中青年教師的積極性，調整教研室主任，讓更多教師參與學院管理工作。哲學學院將學院財務、人事、考核、評獎評優等信息公開，修訂黨政聯席會議議事規則，明確重要議題的確定、表態規則、人事安排、評獎推優、經費配置中涉及班子成員所在二級學科的回避問題、執行不力的處罰等工作要求。藝術與傳媒學院完善文化標識系統，更新文化牆，對京師美術館進行升級改造，使其成為符合當代展陳特點的交互性、現代化陳列館。水科學研究院明確領導班子成員與師生交流制度和到教學一線聽課制度，深入了解學院發展情況，並制定研究生培養與管理細則，完善實驗室的管理條例和科研管理制度，提升學院管理規范化水平。
在服務師生方面，教育學部注重教師職業發展規劃，編寫《教師手冊》，為老師工作學習、出國交流、專業發展等提供方便。生命科學學院建立院級基金，每個項目2-5萬元經費，支持實驗技術中心和實驗教學中心的教師。參照工作任務匹配福利待遇，提高對行政工作人員的配套補貼。出台《學生黨建指導手冊》，促進黨建工作規范化。腦認知與神經科學研究院舉辦學術沙龍等活動，加強教師交流。環境學院著力解決了部分青年教師的辦公條件﹔鼓勵教授為本科生上課，力爭一年內使現有比例由83%提高到100%。繼續教育與教師培訓學院解決了進修教師辦理餐卡、員工學習卡等43個問題。信息科學與技術學院設立學院救助專項經費，對於遇到重大經濟困難的教師給予及時的物質上的資助。每個年級每個專業成立一個教學小組等，提高師生學習成效。圖書館延長開放時間，設立教師的專用空間。通過整改，讓師生切身感受到身邊的變化，見到了實效。
