在教育实践活动中，学校各学院和机关部处也分别制定整改方案，各院系整改问题总计404条。已解决的问题209条，正在研究解决的195条。院系整改主要体现在深化院系改革、规范学院管理以及提高服务师生质量三个方面。
在深化改革方面，马克思主义学院制定《马克思主义学院五年发展规划》，同时，深化思想政治理论课建设改革，建立领导班子成员听课制度，青年教师教学帮扶机制，教学奖励机制，改革思想政治理论课的考试考核，推进实践教学的深入开展，切实提高教学实效。化学学院召开加强化学教学研究、提高本科教学质量的教学研讨会。汉语文化学院修订学院的长远发展规划，力求既有远期发展方向，又有近期需要达到的目标，还要有具体措施。制定了教师团队建设方案，设立院内项目，支持团队研究。体育运动学院调整学院的“十二五”发展规划, 完善发展目标、人才队伍建设、学科建设发展战略。制定促进师生锻炼的改革方案，加强学院文化建设，启动武术、球类、体操等各教研室特色学科团队文化建设，开展篮球、足球等高水平运动队logo的设计工作。法学院推动研究生教育改革，明确学术型、专业型研究生的培养目标和培养方案，以就业为导向贯彻到研究生教学管理中。
在加强学院规范管理方面，经济与资源管理研究院、社会发展与公共政策学院进一步健全考核指标体系，明确教授、副教授、讲师的教学科研要求。发表论文、著作、课题经费等指标纳入进去来形成一套衡量研究院发展的指标体系。外文学院针对工作计划的执行和落实不够充分问题，明确两个第一责任人抓督促，各位执行人列出工作日程表，随时核实落实情况。历史学院调动中青年教师的积极性，调整教研室主任，让更多教师参与学院管理工作。哲学学院将学院财务、人事、考核、评奖评优等信息公开，修订党政联席会议议事规则，明确重要议题的确定、表态规则、人事安排、评奖推优、经费配置中涉及班子成员所在二级学科的回避问题、执行不力的处罚等工作要求。艺术与传媒学院完善文化标识系统，更新文化墙，对京师美术馆进行升级改造，使其成为符合当代展陈特点的交互性、现代化陈列馆。水科学研究院明确领导班子成员与师生交流制度和到教学一线听课制度，深入了解学院发展情况，并制定研究生培养与管理细则，完善实验室的管理条例和科研管理制度，提升学院管理规范化水平。
在服务师生方面，教育学部注重教师职业发展规划，编写《教师手册》，为老师工作学习、出国交流、专业发展等提供方便。生命科学学院建立院级基金，每个项目2-5万元经费，支持实验技术中心和实验教学中心的教师。参照工作任务匹配福利待遇，提高对行政工作人员的配套补贴。出台《学生党建指导手册》，促进党建工作规范化。脑认知与神经科学研究院举办学术沙龙等活动，加强教师交流。环境学院着力解决了部分青年教师的办公条件；鼓励教授为本科生上课，力争一年内使现有比例由83%提高到100%。继续教育与教师培训学院解决了进修教师办理餐卡、员工学习卡等43个问题。信息科学与技术学院设立学院救助专项经费，对于遇到重大经济困难的教师给予及时的物质上的资助。每个年级每个专业成立一个教学小组等，提高师生学习成效。图书馆延长开放时间，设立教师的专用空间。通过整改，让师生切身感受到身边的变化，见到了实效。
